Nadleśnictwo Spychowo zajmuje obszar 24 048,50 ha, w tym 23 047,10 ha stanowią lasy. Blisko 6 tys. ha stanowią lasy ochronne.

Teren nadleśnictwa jest słabo urozmaicony. Dominuje płaska równina sandrowa położona na wysokościach 122-147 m n.p.m. Najwyższy punkt stanowiący fragment ozu, liczący 175,5 m n.p.m. znajduje się na uroczysku Cegielnia, na północ od miejscowości Faryny. W nadleśnictwie dominują gleby rdzawe (63,52% powierzchni). Gleby bielicowe zajmują 22,26% powierzchni. Spośród gleb charakterystycznych dla siedlisk bagiennych najczęstszym typem są gleby torfowe (2,08% powierzchni).

Rzeźbę terenu ukształtowało ostatnie zlodowacenie bałtyckie ok. 17 tys. lat temu. Budowa geomorfologiczna, geologiczna i typ krajobrazu naturalnego to efekt pobytu lądolodu skandynawskiego oraz działania jego wód roztopowych.

Obszar Nadleśnictwa Spychowo został zaliczony do Regionu Środkowomazurskiego. Średnia roczna temperatura w latach 2009-2011 wyniosła 7,6°C. Występuje tu dość ciepłe lato oraz dość łagodna zima. Średni czas trwania okresu wegetacyjnego, tj. okresu, w którym średnia dobowa temperatura jest wyższa od 5°C jest dość krótki i wynosi przeciętnie 207 dni. Roczne opady wynoszą ok. 650 mm. Obszar nadleśnictwa znajduje się w strefie o znacznym udziale wiatrów umiarkowanych (średnio 10,7 m/s), wiejących głównie z północnego zachodu i zachodu.